Para 1989, si bien el dominio de Mclaren no sería tan amplio como en el año anterior, el título se definiría entre Senna y Prost de una manera polémica.
En el gran premio de Japón de 1989, disputado en el circuito de Suzuka, Prost llegaba con 16 puntos de ventaja sobre Senna a falta de 2 carreras para el final de temporada. Senna debía ganar en Japón (Suzuka) y Australia (Adelaida) para ser campeón, sin importar el resultado de Prost. En la vuelta 47, Senna intenta adelantar por el lado sucio a Prost; el francés -contrario a su tendencia de evitar a toda costa los golpes- mantiene la cuerda y extiende el frenado, llevando a Senna a colisionar. En dicha maniobra ambos autos quedan enganchados y Prost abandona su auto al ver que Senna es auxiliado por personal de pista para echar a andar su bólido y salir cortando la chicana, ambas situaciones prohibidas por la normativa vigente. Después de parar en boxes y salir segundo logra adelantar a Alessandro Naninni quien marcha primero en ese momento, consiguiendo así Senna finalizar la carrera en primera posición, aunque poco después sería descalificado de la carrera por cortar la chicana con auxilio de terceros y Prost se adjudicaría el título.
Al respecto, la versión del propio Prost, la cual coincide con las observaciones de los principales pilotos de la época entre ellas la del respetado tri-campeón Niki Lauda, el tri-campeón Nelsón Piquet de Nigel Mansell e incluso del gran amigo de Senna Gerhard Berger es que él defendió su posición del ataque de Senna de forma legítima, dado que quien estaba al mando de la trayectoria era él. No obstante, mayoritariamente, los fanáticos de la Fórmula 1 han responsabilizado a Prost del accidente y al francés Jean-Marie Balestre, presidente de la FIA por aquel entonces, de actuar en favor de Prost al no haberlo sancionado por dicho accidente.1 Alain Prost logra ese año 4 victorias y 76 puntos que le valdrían su tercer campeonato del mundo de Formula 1. Cansado de la convivencia con Senna, y de un claro favoritismo de Honda hacia este, decide migrar a Ferrari.
