Lotus tuvo un acuerdo con un nuevo suministrador de motores en 1987, usando los mismos motores Honda que Williams había utilizado para ganar el año anterior el Campeonato de Constructores, Honda impuso sus condiciones eso sí y junto con la llegada de un nuevo motor vino también la de un nuevo compañero de equipo, el veterano nipón de 34 años, Satoru Nakajima. Senna comenzó la temporada con suertes mezcladas: un podio en el Gran Premio de San Marino fue atenuado por la controversia que se generó en la carrera siguiente en Spa-Francorchamps, donde colisionó con Nigel Mansell y fue increpado por el inglés enfurecido en el pitlane posteriormente.25 Senna entonces ganó dos carreras consecutivas: el Gran Premio de Monaco (el primero de su récord de seis victorias en el principado) y el Gran Premio del Este de los Estados Unidos en Detroit, su segunda victoria en dos años en el circuito urbano, para así tomar el liderato en el campeonato mundial. A medida que el campeonato avanzaba sin embargo, se hizo evidente que los coches Williams tenían la ventaja sobre el resto de la parrilla, la brecha entre los equipos con motores Honda se hizo más evidente en el Gran Premio de Gran Bretaña donde Mansell y Piquet sacaron una vuelta de ventaja a los Lotus de Senna y Nakajima. Senna se mostró insatisfecho con sus posibilidades de luchar por el título en Lotus y en Monza, anunció que se uniría a McLaren para la temporada 1988.26 Senna acabó el año fuertemente, llegando segundo en las dos últimas carreras en Japón (que volvió a la F1 tras 10 años de ausencia en el nuevo circuito de Suzuka) y Australia, sin embargo, las verificaciones técnicas posteriores en la última carrera hallaron los conductos de freno de su Lotus más anchos de lo permitido por el reglamento y fue descalificado, llevando así su última temporada y de mayor éxito con Lotus hacia un final amargo.27 Senna se posicionó tercero en el Campeonato de Pilotos, con 57 puntos, una pole-position y seis podios. Esta temporada marcó un punto de inflexión tanto a lo largo de todo ese año como en su carrera deportiva en la que él construyó una relación profunda con Honda, una relación que traería grandes dividendos, ya que McLaren había asegurado la oferta de Williams de adquirir motores V6 turbo de Honda para el año 1988.
