El 2009 era su décima temporada seguida sin participar en el campeonato del mundo hasta que, ante el fuerte accidente de Felipe Massa en el Gran Premio de Hungría y la imposibilidad de ser sustituido por Michael Schumacher debido a unos dolores en el cuello del alemán como consecuencia de una caída de moto sufrida en febrero, Badoer fue elegido para pilotar el Ferrari F60 en el Gran Premio de Europa junto al finlandés Kimi Räikkönen.4 En su primera carrera como piloto de Ferrari no pudo lograr mejor resultado que 20º en la parrilla de salida y 17º en carrera, por delante del último de la carrera, que fue Kazuki Nakajima. Además, Luca fue sancionado 4 veces en entrenamientos y durante la carrera del Gran Premio de Europa por pisar la línea del "pit lane". En el siguiente Gran Premio, el de Bélgica, Badoer no consigue mejorar sus prestaciones y vuelve a ser último en la clasificatoria, en la que chocó contra las protecciones. Y en la carrera, no avanza posiciones, y termina 14º y último. El jueves 3 de septiembre, se confirmó que Giancarlo Fisichella ocuparía el lugar de Luca para los 5 GP que faltan de la temporada, tras lo cual volvería a ocupar su puesto como piloto de pruebas de Ferrari.
