Si en 1988 hubo roces entre Senna y Prost, su lucha se intensificaría mucho más en 1989 con batallas en la pista y una guerra psicológica fuera de ella. La tensión y la desconfianza entre los dos pilotos llegó a un punto crítico en el GP de San Marino: Prost y Senna aparentemente según palabras del francés habrían llegado a un pacto de no-agresión en caso de que uno de los dos llegue liderando la prueba a la curva Tosa en el primer giro. Tras un violento choque de Gerhard Berger en la curva Tamburello (donde Senna fallecería 5 años más tarde) y posterior incendio de su Ferrari 640, la carrera se interrumpió con bandera roja y posteriormente después de unos minutos se relanzó. Esta vez el paulista largó mal y el francés tomó ventaja, no obstante, Senna adelantó a Prost en la curva Tosa y a raíz de esto el galo se enfureció, acusando incluso a Ron Dennis de una violación a dicho trato. Como consecuencia de esto, las relaciones entre los compañeros de equipo en McLaren empeoraron considerablemente.
Senna tuvo una temprana ventaja en el campeonato con victorias en tres de las cuatro primeras carreras, pero la falta de fiabilidad de su McLaren-Honda MP4/5 en Phoenix (falla eléctrica), Canadá (rotura de motor), Francia (diferencial) e Italia (rotura de motor nuevamente en la curva Parabólica a pocas vueltas del final, cuando era líder de la prueba), junto con errores claves que cometió el brasileño en Brasil (rotura de alerón delantero por pelear posición con Gerhard Berger en la primera curva del circuito), Gran Bretaña (trompo tras 11 giros completados liderando la carrera delante de Prost) y Portugal (colisión con Nigel Mansell considerando que el inglés había sido descalificado de la carrera por poner marcha atrás en el pitlane durante un repostaje) abrieron el título a favor de Prost.
Prost ganó el título mundial de 1989, después de un choque con Senna en el circuito de Suzuka en Japón, la penúltima carrera de la temporada, que Senna necesitaba ganar para mantenerse en la pelea por el título. Senna intentó un adelantamiento a Prost por la zona derecha de la salida de la curva 130R, poco antes de llegar al Casio Triangle, sin embargo Prost lo cerró poco antes de llegar, Senna no cedió y ambos colisionaron en medio de la chicana. El brasileño, a continuación, pidió ayuda a los comisarios para que empujaran su coche y así poder volver a encender el motor para reincorporarse a la carrera, logró encenderlo y salió por la escapatoria que tiene dicha chicana con su McLaren-Honda MP4/5 siniestrado, ya que tras el choque con Prost su alerón delantero sufrió daños. Luego al giro siguiente entró a boxes para el cambio de la pieza mientras que el italiano de Benetton Alessandro Nannini se hacía con el liderato de la carrera. Senna volvió a pista e hizo una remontada a falta de pocas vueltas para el final, logrando sobrepasar al coche del italiano exactamente en el mismo lugar donde intentó hacerlo con Prost, y llegó a meta en primer lugar, sólo para ser inmediatamente descalificado por la FIA por retornar a pista con ayuda externa, cortar la chicane después de la colisión y por pisar la línea del pitlane (que no forma parte de la pista). Un gran multa y la suspensión temporal de su superlicencia de F1 en el invierno de 1989 hizo que el paulista entrara en una amarga guerra de palabras con la FIA y de su entonces presidente Jean-Marie Balestre. Senna terminó su segunda temporada en McLaren con seis victorias y el sub-campeonato mundial. Prost a final de temporada dejó McLaren para unirse a Ferrari el año siguiente.
